蛇的生殖器官與高等脊椎動物鳥、獸一樣，都是體內受精，故雄性都有交配器官。但蛇及蜥蜴的交配器官與鳥、獸的交配器官在起源及結構上極不相同。蛇具有成對的交配囊，位於泄殖腔內兩側。交配囊是由泄殖腔的壁特化而成的，類似兩個口袋，平時倒向體內，在其壁上分佈有豐富的血管；在交配前，由於性的刺激，囊壁上的血管迅速充血，交配囊立即從裏翻轉，突出泄殖腔外，形成頂端略為分又而整個成圓柱狀的交配囊，在其內側方有1條縱向溝，這條縱溝能臨時愈合成細長管道；在交配時，雄蛇把交配囊插入雌蛇體內，以輸送精子到雌蛇體內，使成熟卵受精。雄蛇雖然有兩個交配囊，但每次交配只能利用1個。也就是說，每次只有1個交配囊突出泄殖腔外。兩個交配囊輪流使用。
蛇的生殖器官與高等脊椎動物鳥、獸一樣，都是體內受精，故雄性都有交配器官。卵為橢圓形，兩端較鈍，多為白色，柔軟（因其卵殼由非鈣質的纖維性物質組成）。卵的大小及數量因蛇的種類而异。如體長8.5米，重113.5千克的網狀蟒蛇1次能產82個卵，卵的長徑約為10.2釐米、短徑約為7.6釐米。體長5.8米，重90.7千克的印度蟒在每年3～4月間產卵，卵的長徑11.4～10.2釐米、短徑為5.2～7.6釐米。歐洲遊蛇3～4齡後，體長61～91.5釐米，在春天交配，大約兩個月後開始產卵於腐敗的植物裏或肥料堆中，做成一個凹窩，每次產30～40個卵。黑眉錦蛇約在5月交配，有人看見該蛇在樹上進行交配長達兩個小時，6月左右產卵，卵產於背陽光的潮濕樹下，每次產卵7～8個。火赤鏈蛇1次約產10個卵。眼鏡蛇1次能產20個左右的光滑白色硬殼卵，卵的長徑約為3.2釐米、短徑約為2.2釐米。五步蛇每次產卵10～20個。一般來說蛇都沒有做窩的本領，通常是把卵產於陰暗地上，腐朽樹根上或草堆、肥料堆裏，靠太陽輻射熱和植物發酵熱來孵化。但眼鏡王蛇卻有造巢的習性，雌蛇在繁殖時，能把落葉或枯枝堆成11個窩，窩的結構也奇特，分上下兩層，下層產卵用，上層作雌蛇居住和保護卵用。有時雄蛇也參與護卵任務。通常蛇無孵卵的本能，只靠自然熱來孵化。因而，一般孵化期很長，遊蛇孵化期大約10周，眼鏡蛇在平均溫度21『C時，需要7周以上的孵化期。但蟒蛇有孵卵的習慣，它先將產下的卵堆在一起，然後以身體捲繞著所有卵，進行孵卵。據有人測定，雌蛇在孵卵時的體溫比雄蛇體溫高12‘C左右。雌蛇在孵卵期除離巢去喝水外，一直待到把幼蛇孵出為止。其孵卵期長達80天左右。當蛇的胚胎在卵內發育成幼蛇，即將出殼時，幼蛇便以其吻端的“卵齒”衝破卵殼，然後鑽出來，到大自然生活。幼蛇很小，例如，新生出來的幼蟒蛇長只有5.1～6.4釐米。每年平均可長約60釐米；但4～5年後增長較慢，平均每年約長30釐米。蟒蛇的年齡較高記錄是21歲。
卵胎生的本質也同卵生，所不同的只是在卵受精以後，沒有從母體排出來，而停留在母體的輸卵管下端的“子宮”裏，等胚胎在母體內發育成幼蛇後，才產出到自然界生活。從雌蛇產仔看，卻又像哺乳類動物的胎生。但是，蛇的胚胎在母體“子宮”裏的發育，卻不需要吸取母體的營養，這就不同於真正的胎生。這種繁殖管道稱為“卵胎生”；從保證幼蛇的成活率上看，比卵生管道好。
南美的一種卵胎生蚺蛇科蛇，體長5米多的雌蛇1次能產幼蛇34條，新生的幼蛇每條長約68.6釐米。有幾種盲蛇也為卵胎生。例如，產於東南亞的一種盲蛇，長45.7釐米，1次產3～8條幼蛇。僅產於印度和斯里蘭卡的卵胎生盾尾蛇，1次產3～8條幼蛇。從印度到所羅門地區的東方水蛇，1次能卵胎生30條左右的幼蛇。海蛇科除較原始半海棲種類外，都為卵胎生。蝰蛇科也均為卵胎生。歐洲蝰蛇，在每年4月間是其交配高潮期，但也有的在其他月份交配，在8～9月產仔，一般每次產6～20條幼蛇；新生出來的幼蛇長15～20釐米。印度蝰蛇，1次能產20～63條幼蛇。蝮蛇科蛇也大多為卵胎生。蝮蛇1次能產6～14條幼蛇。