耳根疼痛的原因，如下：
1、耳部炎症：如急性外耳道炎、急性中耳炎，都可以引起耳朵疼痛，并且咀嚼时疼痛明显，同时伴有耳闷、耳鸣、听力下降，后期也会有脓性分泌物。通常给予抗炎治疗、炎症控制以后，病人的症状尤其是疼痛症状 ，可以完全好转；
2、咽喉的炎症：由于咽喉炎症导致神经反射，引起耳朵疼痛，如急性扁桃体炎、急性咽喉炎，病人都会有耳朵的反射痛；
3、舌咽神经痛：由舌咽神经损伤导致的舌咽神经痛，疼痛从一侧舌根向耳部放射，有时候可以出现钝痛、刺痛、切割样疼痛等；
4、茎突过长症：可以引起病人耳部的放射疼痛，疼痛由一侧的扁桃体向耳部放射。
所以如果有耳朵疼，一定要到医院就诊，通过耳内镜检查、咽喉检查以及影像学检查，明确病因后进行治疗。