酵素本身是一种酶类，对人体并没有危害，酵素属于天然成分，具有帮助代谢的作用。但是由于大部分酵素在制作过程中添加了糖分、蒽醌类物质，还有可能携带细菌等，容易造成对人体的危害。
1、高血糖：酵素制品中往往含有大量的添加糖，可能引起血糖升高。糖尿病患者更要慎重食用酵素类产品；
2、肠道黑变：由于很多酵素类产品为增加促代谢效果，通常会加入蒽醌类成分，长期使用可导致肠道着色发黑，发生大肠黑变病；
3、肠道感染：有部分酵素制作过程中卫生环境较差，容易携带细菌。长期食用这类酵素产品容易导致细菌感染，造成肠道菌群失调，或急慢性肠炎等疾病。
通常情况下可以通过足量饮水、适当活动、补充膳食纤维及益生菌的方式来促进肠道蠕动、预防及缓解便秘，长期便秘的患者应当及时进行肠镜等检查，合理治疗。目前酵素产品良莠不齐，食用时应谨慎购买。自行制作的酵素由于没有办法控制有害菌的生长，而且还会产生乙醇、甲醇等物质，从安全角度而言，不建议饮用。